iHuman研究所水雯箐团队与合作者系统性评价DIA蛋白质组学数据分析工具
近日,上海科技大学iHuman研究所水雯箐课题组和中国科学院上海有机化学研究所生物与化学交叉研究中心张耀阳课题组合作,在Nature Communications发表了题为“Benchmarking commonly used software suites and analysis workflows for DIA proteomics and phosphoproteomics”的研究论文,通过创建多套标准与复杂样本数据集,全面评估了4种具有不同算法设计的数据非依赖性采集(Data-independent acquisition, DIA) 数据分析软件在解析常规蛋白质组和磷酸化蛋白质组数据时的性能和特点,明确提出了适用于特定类型蛋白质组学的DIA数据分析流程。基于质谱的蛋白质组学已成为解析生物体系的蛋白质群体组成与动态调控的主流技术。DIA是一种在理论上对样品信息损失极低的质谱数据采集方法,该模式将每个采集循环中一级质量分析器检测的离子分配到预定质量窗口,从而对数个或数十个待测离子同时进行碎裂和二级检测。这种方法保证了数据完整性,但在产出数据的解析上也更...
2023-01-11