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张力烨    助理教授、研究员
所在学院 生命科学与技术学院
研究方向 生物信息学,基因组学,精准医疗
联系方式 zhangly@@shanghaitech.edu.cn
 
  个人简介  
2003-2007 年就读于上海交通大学 生命科学与技术学院 获生物技术学位
2007-2012 年就读于美国宾夕法尼亚州立大学 获细胞和发育生物学博士学位 (导师马红和Franklin Pugh)
2012-2017 年在美国波士顿大学医学院,计算医学中心进行博士后研究 (导师Stefano Monti)
2017年5月加入上海科技大学生命科学与技术学院任助理教授,研究员
  主要研究内容  
研究组侧重于理解生物组学大数据背后的含义,其中最感兴趣的是通过解读基因组数据来达到精准医疗的目的。研究组的长期目标是运用数学模型来解释和预测复杂的生物学现象,特别是与人类疾病相关的表型。目前实验室工作集中于以下两个方向:
1. 研究组侧重于开发基于DNA/RNA/表观遗传学信息的分子标记物来区分和预测疾病的亚型(目前重点为癌症,但并不限于癌症)和患者对于药物治疗的不同反应,并进一步整合多种数据分析和功能验证来研究这些重要分子标记物背后的生物学机制。
2. 研究组将与其他以实验科学为重点的研究组进行长期合作。通过对于多种组学数据分析挖掘和统计分析,结合新的算法和分析方法的开发,来得到基于数据的机理的猜想,去辅助和指导功能验证,并最终更好地理解人类疾病中的机理。目前我们与Ruslan Afasizhev实验室在研究治病锥虫Trypanosoma brucei的线粒体中转录机制和RNA编辑机理中有着长期持续的合作。
实验室主页:https://bioliyezhang.github.io
  代表性论文  

癌症基因组学

·  Liye Zhang *(共同通讯作者), Chih-Cheng Yang, Xaralabos Varelas, Stefano Monti*. Altered A-to-I RNA editing in 3' UTR perturbs microRNA-mediated regulation of oncogenes and tumor suppressor genes. Scientific Reports 2016 Mar 16; 6:23226 (pdf)

 

·  Claudia Voena*, Lydia Varesio*, Liye Zhang* (共同第一作者), Matteo Menotti, Teresa Poggio, Elena Panizza, Qi Wang, Valerio Minero, Shamila Fagonee, Mara Compagno, Fiorella Altruda, Stefano Monti, Roberto Chiarle. Oncogenic ALK regulates EMT in Non-Small Cell Lung Carcinoma through repression of the epithelial splicing regulatory protein 1. Oncotarget 2016 May 31;7(22):33316-30. (pdf)

 

·  Bjoern Chapuy, Margaretha Roemer, Chip Stewart, Yuxiang Tan, Ryan Abo, Liye Zhang, et al, Stefano Monti, Margaret Shipp. Targetable genetic features of primary testicular and primary central nervous system lymphomas. Blood 2016 Feb 18; 127 (7):869-881 (pdf)

 

·  Bjoern Chapuy, Hongwei Cheng, Akira Watahiki, Matthew Ducar, Daniel Gusenleitner, Linfeng Chen, Margaretha Roemer, Jing Quyang, Amanda Christie, Liye Zhang et al, Margaret Shipp. Diffuse Large B-cell Lymphoma Patient-derived Xenograft Models Capture the Molecular and Biologic Heterogeneity of the Disease. (E-published in Blood)(pdf)

 

·  Samantha Hiemer, Liye Zhang, Vinay Kartha, Munirah Almershed, Stefano Monti, Maria Kukuruzinska, Xaralabos Varelas. A YAP/TAZ-regulated transcriptional signature associated with Oral Squamous Cell Carcinoma. Molecular Cancer Research. 2015 Jun; 13(6): 957-968 (pdf)

 

锥虫线粒体转录调控和RNA编辑

·  Takuma Suematsu*, Liye Zhang*(共同第一作者), Inna Aphasizheva, Stefano Monti, Lan Huang, Catherine Costello, Ruslan Aphasizhev. Antisense Transcripts Impede Uridylation-induced Exonucleolytic Degradation to Generate Guide RNAs. Molecular Cell 2016 Feb 4; 61 (3): 364-378 (pdf)

 

·  Inna Aphasizheva*, Liye Zhang*(共同第一作者), Xiaorong Wang, Robyn Kaake, Lan Huang, Stefano Monti and Ruslan Aphasizhev. RNA binding and core complexes constitute the u-insertion/deletion editosome. Molecular and Cellular Biology 2014 Dec 1; 34(23): 4329-42 (pdf)

 

表观遗传学

·  Liye Zhang, Hong Ma, Frank Pugh. Stable and dynamic nucleosome states during a meiotic developmental process. Genome Research 2011 Jun; 21(6): 875-884. (pdf)

 

·  Ho Sung Rhee, Alain R. Bataille, Liye Zhang, Benjamin F Pugh. Subnucleosomal Structures and Nucleosome Asymmetry Across a Genome. Cell 2014 Dec 4; 159(6): 1377-1388 (pdf)

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